사용법

2. 사슬 입력하기

화면 오른쪽의 각 카드에 사슬 하나씩 넣습니다. 카드마다 채우는 항목:

• Code (필수): Benchling 엔티티 코드(예: C2409). 비워 두면 지도를 만들 수 없습니다.
• Name (선택): 사슬을 알아보기 쉬운 이름(예: "Heavy chain", "anti-CD3 scFv arm"). 서열 패널에 코드와 나란히 표시되어 지도를 읽기 쉬워집니다.
• Plasmid (선택): 그 사슬의 DNA 플라스미드 코드(예: PL0042). 히스토리에 함께 저장되며, 필요 없으면 비워 둬도 됩니다.
• Targets (N→C) (필수): 항원 이름을 N말단→C말단 순서로 콤마로 구분해 적습니다(예: HER2 또는 CD3, HER2).
• Sequence (필수): 아미노산 서열을 그대로 붙여 넣습니다(공백·숫자·줄바꿈은 무시됩니다).

※ 결합부위(가변부위)가 있는 사슬은 반드시 Target을 입력해야 합니다. (Fc만 있는 사슬처럼 결합부위가 없으면 비워 둬도 됩니다.)

카드가 모자라면 [＋ Add chain] 으로 추가, 필요 없으면 카드 우측 상단 ✕ 로 삭제합니다. 전부 지우고 처음부터 다시 하려면 [Reset] 을 씁니다.

3. 지도 만들기

카드 아래 [Generate map ▶] 를 누르면 왼쪽에 구조 지도가 그려지고, 그 아래 사슬별 서열 패널(도메인 색 트랙)이 나타납니다. 뭔가 안 되면 지도 아래 상태 표시줄의 안내 문구를 확인하세요.

4. 지도 보기 (확대/이동)

• 마우스 휠: 커서를 기준으로 확대/축소(0.5×–12×).
• 드래그: 지도를 잡아 이동(팬).
• 더블클릭: 화면에 맞게 원위치.

확대/이동은 화면에서 자세히 보기 위한 것이며, 저장되는 이미지는 항상 전체가 보이도록 맞춰서 내보냅니다.

5. 저장하기

히스토리 패널(좌측 하단)의 [💾 Save maps…] 로 저장합니다. 내보낼 항체를 체크하고 형식을 고릅니다:

• PNG — 일반 그림 파일(PowerPoint·Word·이메일용).
• SVG — 확대해도 안 깨지는 벡터 이미지(논문·포스터·인쇄용).

Include(포함 범위) 에서 무엇을 담을지 고릅니다 — Everything(전체), Structure map only(구조 지도만), Sequences only(서열만) 중에서, 그리고 도메인 라벨·Anti-… 라벨·Fc 상태·범례·서열 색 트랙·변이 하이라이트를 개별 체크박스로 뺄 수 있습니다. 저장되는 모든 이미지 상단에는 항체 이름이 캡션으로 붙습니다.

Structure map only는 배경이 투명해서 슬라이드에 바로 얹을 수 있습니다. 파일명은 항체 이름 기준으로 정해지며, 다시 저장해도 덮어쓰지 않고 _2, _3… 으로 이어집니다.

6. 프로젝트 & 히스토리

좌측 히스토리 패널은 작업을 Project(프로젝트) → Antibody(항체) 두 단계로 관리하며, 프로그램을 닫았다 열어도 그대로 남아 있습니다.

• [＋ Project]: 새 프로젝트 만들기(이름을 직접 정함) — 항상 최상위에 생성됩니다.
• [＋ Antibody]: 선택한 프로젝트 아래 항체 추가 후 서열 입력·지도 생성.
• 항체를 클릭하면 그 서열과 지도가 다시 열립니다.
• 우클릭: 프로젝트에서는 Add antibody / Delete project, 항체에서는 Duplicate / Delete.
• 단축키(선택된 항목에서): F2 이름변경, Del 삭제, Ctrl+D 복제.
• [↶ Undo] / Ctrl+Z: 사슬 전체를 한 번에 바꾸는 동작(Load example, FASTA/ .docx 열기, Reset)을 되돌립니다 — 히스토리에서도 함께 되돌아갑니다. [↷ Redo] / Ctrl+Y(또는 Ctrl+Shift+Z)로 다시 앞으로 갈 수 있습니다.
• Ctrl/Shift+클릭으로 여러 프로젝트·항체를 함께 선택한 뒤 [Save maps…] (또는 우클릭 → Save selected maps…)로 한 번에 내보낼 수 있습니다.

입력한 서열은 이 PC의 사용자 폴더에만 저장되며, 어디로도 전송되지 않습니다.

7. Layout — 여러 항체를 한 시트에서 비교하기

Layout은 한 프로젝트의 항체 여러 개를 격자 위에 나란히 놓아 한눈에 비교할 수 있게 해 줍니다. 프로젝트 우클릭 → Add layout을 하면 📐 Layouts 아래에 생기고, 항체처럼 클릭해 열면 작업 화면 전체를 차지합니다.

• Rows(행)와 Columns(열)을 정한 뒤, 왼쪽 목록에서 항체를 드래그해 칸에 놓습니다. 칸을 다른 칸 위로 드래그하면 이동, 이미 차 있는 칸 위로 드래그하면 서로 자리를 바꿉니다. 격자 밖으로 드래그하면 그 칸만 비웁니다.
• 칸에는 항체의 사본이 아니라 원본이 들어갑니다 — 그 항체의 서열을 고치면 그 항체를 보여주는 모든 Layout이 함께 바뀝니다. 항체를 삭제하면 해당 칸만 비워집니다.
• Layout을 여는 동안 히스토리 버튼이 [💾 Save layout…] 로 바뀌어, 시트 전체를 PNG 또는 SVG 하나로 저장합니다 — 형식, 흰/투명 배경, 시트 너비를 고를 수 있습니다.

시트 위 모든 지도는 같은 축척으로 그려지므로, 실제로 더 큰 구조체가 더 크게 보입니다. 이것이 Layout 비교의 핵심입니다.

8. ADC(항체-약물 접합체) 설정하기

지도 위쪽 [🧪 ADC payloads] 버튼을 누르면 활성 항체에 payload(약물)와 linker(연결자)를 붙일 수 있는 대화 창이 열립니다. DAR(약물-항체 비율)은 직접 입력하지 않고, 고른 접합 위치(site)로부터 자동 계산됩니다.

• Conjugation method: 현재는 THIOmab 한 가지입니다.
• 그룹마다 Payload·Linker 이름을 적고, Outer(바깥)·Inner(안쪽) 색을 각각 지정합니다(두 겹 원으로 그려집니다). 비워 두면(Auto) 자동으로 배정되며, 같은 프로젝트에서 같은 payload+linker 조합은 항상 같은 색으로 통일됩니다.
• [＋ Add site] 로 접합 위치를 추가합니다 — Chain(사슬)과 Domain(부위: CL, Hinge 1/2/3, 또는 서열에서 검출된 엔지니어링 시스테인, 예: V205C)을 고릅니다. CL과 힌지의 시스테인 세 자리(Hinge 1은 CL과, Hinge 2/3은 서로 결합)는 각각 한 자리씩, 엔지니어링 시스테인도 한 자리씩 계산되며, 그 사슬이 그려진 arm(팔) 수만큼 곱해집니다.
• native 부위(CL, Hinge 1/2/3)를 고르면 그 자리의 원래 이황화 결합이 환원되어 payload가 붙은 것으로 간주되고, 지도에서 해당 결합선이 지워집니다. 엔지니어링 시스테인은 원래 결합을 건드리지 않으므로 아무것도 지워지지 않습니다.
• [＋ Add group] 으로 그룹을 하나 더 추가하면 payload가 두 종류 이상인 ADC도 표현할 수 있습니다.
• 마칠 때: Create New ADC는 지금 항체는 그대로 두고 새 이름의 항체로 분리해 히스토리에 저장합니다. 이미 ADC 정보가 있는 항체를 다시 열었을 때만 보이는 Save는 지금 이 항체에 변경 내용을 그대로 덮어씁니다.

9. 서열 복사하기

서열 패널에서 잔기(residue) 위를 드래그해 선택한 뒤 Ctrl+C를 누르면, 줄바꿈 없이 서열 문자만 클립보드에 복사되어 바로 다른 서열 입력칸에 붙여넣을 수 있습니다.

• 도메인 하나를 통째로 고르려면 그 안 아무 곳이나 더블클릭하거나 색 트랙(컬러 바)을 클릭하세요 — 줄바꿈을 가로질러 VH나 CH3 전체가 한 번에 선택됩니다.

선택 범위는 한 사슬 안에서만 유지됩니다 — 두 사슬은 서로 다른 분자이므로, 이어붙이면 실제로 존재하지 않는 서열이 됩니다.

10. 지도 읽는 법

• 색 계열 = 결합 부위(Fv). 한 결합부위의 VH+VL은 같은 색이며, 진한 쪽이 VH(중쇄 가변), 옅은 쪽이 VL(경쇄 가변)입니다. 결합 특이성이 다르면 색 계열이 달라집니다.
• Anti-OOO 라벨은 해당 결합부위의 항원입니다.
• 지도 위 [🎨 Target colours] 로 항원별 색을 직접 고를 수 있습니다 — 그 색은 해당 항원의 VH/VL과 Anti-OOO 라벨에 쓰이고, 같은 프로젝트의 모든 항체에 걸쳐 기억됩니다. Auto로 둔 항원도 프로젝트 안에서는 한 가지 색을 계속 유지합니다.
• CH1/CH2/CH3·CL = 불변 영역.
• 연결선·표시 — 지도 아래 범례 박스에 표시됩니다.

• 서열 패널의 배경 하이라이트 = 엔지니어링 변이. 헤더의 색 칩으로 종류를 안내합니다(예: ● KiH knob, ● Fc-null, ● ds-scFv, ● CH1-CL S-S off).

11. 화면 테마 바꾸기

우측 상단 [🎨 Theme] 로 앱의 색 테마를 바꿀 수 있습니다(다크 테마 포함 5가지). 창 색상만 바뀌며 지도와 저장되는 이미지의 색은 그대로입니다. 선택한 테마는 다음 실행 때도 기억됩니다.

12. 문제 해결